科研/NCBI/根据蛋白序列查找某菌种同源基因信息

NCBI的强大功能令人侧目。其中，我们在获取蛋白序列后，常常需要查找其对应的基因名称，为了便于研究，常常需要查找标准参考菌株（或其他细胞株等）的同源基因信息，那么应该如何做呢？NCBI的BLAST就可以解决问题。

工具/原料

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首先登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed，NCBI首页。点击首页下端BLAST,进入blast界面。
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BLAST界面提供blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx等选项。已知蛋白序列，查找某菌种对应的同源基因信息，点击择篇tblastn
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点击进入后，复制蛋白序列到序列框，或者“选择文件”。选择Organism。完成上述信息后施茄，点击blast。若有多个蛋白序列需要blast，建议勾选blast按钮旁边的“新窗口显示Show results in a new window”
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跳转新页面后，网页会自动blast。每隔1s，2s，3s，7s等不停刷新网页，直至比对出结果，此时耐心等待。
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比对结果完成后，页面显示如下。此时可查看结果。Sequences producing significant alignments栏中的Per. Inden越高越好。另一方面，Alignments栏下的Identities，Positives较重要。一般range1时比对结果最好的选择。此时可点击GeneBank跳转到genebank界面，查看对应基因排篇言信息。
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有时genebank显示的时complete genome，此时拉到FEATURES查看香关具体信息。
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ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_NewBLAST.pdf
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